Scholarly Publishing

Scholarly Publishing (论文投稿全流程)

你会得到什么（输出契约）

当用户说“我要投稿/返修/相机就绪/需要 LaTeX 工程化/写 rebuttal/写 cover letter”时，本 skill 负责把目标拆成可交付的出版资产包：

• manuscript/：论文源文件（LaTeX / Word / Markdown 任一作为 *source-of-truth*）
• figures/：每张图的源代码/源数据/最终导出要求（PDF/EPS/SVG/TIFF）
• supplement/：补充材料（方法细节、附录、扩展实验、额外图表）
• submission/：投稿所需文件（cover letter、graphical abstract、highlights、checklist、打包 zip）
• revision/：返修资产（rebuttal、diff、逐条回应矩阵）
• build/：可复现构建产物（PDF、打包 zip、CI 日志）

> 目标不是“写一段文字/画一张图”，而是产出能提交、能返修、能复用、能审计的一套文件与规范。

何时使用（触发场景）

适用场景（中英混合均可）：

• 投稿/返修：投稿、submission、返修、revision、rebuttal、回复审稿意见、camera-ready、proof
• LaTeX 工程化：latex template、latexmk、bibtex、biber、Overleaf、chktex、latexindent
• 可复现出版包：manuscript as code、reproducible manuscript、submission zip、paper pdf build

不适用：

• 仅“从 PDF 提取文本/合并 PDF/批注回复”等纯文档处理。
• 仅“画流程图/概念示意图/数据结果图/组会幻灯片”，且不涉及投稿资产包或出版交付。

输入信息（最小问询）

为了稳定落地，至少需要：

1) 目标投向：期刊/会议/出版社（不知道也可以先用“类目”：Nature/IEEE/ACM/NeurIPS/PLOS）

2) 论文类型：研究论文/方法论文/综述/短文/技术报告

3) 交付物：投稿包、返修包、camera-ready 包、可复现构建包、项目主页/视频摘要/海报等传播资产（可多选）

4) 写作来源：是否已有草稿/数据/图？（已有就以“改稿/补齐规范”为主）

工作流（可执行流程）

Phase 0 — 选择“单一事实源”（Single Source of Truth）

在以下三者中选一个做源文件（强烈建议只选一个）：

• LaTeX：适合期刊/会议、公式多、需要严格排版、可 CI 构建
• Word：适合部分医学生命科学期刊/协作者偏 Word 的团队
• Markdown/Quarto：适合技术报告/内部报告/可发布网页（可导出 PDF）

> 元规则：同一论文不要在多个格式里并行编辑。其它格式只能是“导出物”。

Phase 1 — 先建“投稿约束”再写正文

1) 目标投向与模板：记录版式、匿名、页数、图表、引用和补充材料约束

2) 投稿清单：按 pre-submission、submission、revision、camera-ready 四类阶段列出必需文件

3) 明确图的规格：列出每张图的用途、类型（line art / raster / combination）与导出格式（PDF/TIFF）

Phase 2 — 论文主线（写作）

执行两段式写作：

• 先写“结构大纲（允许 bullet）”
• 再写“最终正文（必须段落，禁止 bullet）”

元规则（顶级期刊通用）：

• 先图后文：Results 的主线由 Figures 驱动
• 句子不超载：每句一个主张；每段一个中心句；每节一个问题
• 让审稿人省力：方法可复现、统计可追溯、图注自解释

Phase 3 — 图表交付约束

本 skill 只定义投稿所需的图表交付约束，不在正文内要求调用其它作图专家：

• 对 data figure：统一字体、字号、线宽、配色、子图间距、panel label（A/B/C）
• 导出：优先 PDF/EPS/SVG（矢量），必要时 TIFF 600dpi（栅格）
• 可访问性：色盲友好（Okabe-Ito / colorcet / cmcrameri）

Phase 4 — LaTeX/构建/打包

如果 source-of-truth 是 LaTeX：

• 明确本地编译命令、lint/format 要求、CI 编译要求和 submission zip 文件清单

如果 source-of-truth 是 Word：

• 仍然遵循“图表输出标准 + 引用一致性 + 文件命名规范”，并准备投稿系统所需附件

Phase 5 — 投稿与返修

• 投稿前：列出主文稿、图表、补充材料、伦理/数据/利益冲突声明、cover letter
• 返修：维护逐条回应矩阵、修改位置、证据来源和未采纳理由
• 相机就绪：检查最终版式、作者信息、版权/许可、源文件和最终 PDF

Phase 6 — 传播资产（可选）

如果需要项目主页、视频摘要或海报，先定义输入来源、目标受众、输出目录和会议/机构限制。本 skill 不负责生成幻灯片，也不在正文内要求调用传播类专家。

规范（Meta Rules）

A. 资产命名规范

• 图文件：fig-01-overview.pdf、fig-02-results.tiff
• 子图：fig-02A-...、fig-02B-...
• 统一用 kebab-case；避免空格与中文；避免“final_v7_reallyfinal”

B. 可复现性最小集（Reproducibility Minimum）

至少提供：

• 构建命令（make pdf / latexmk / quarto render）
• 环境说明（Python 版本、依赖，或 lockfile）
• 图表源（代码/参数）与导出脚本（自动化优先）

C. 质量门禁（提交前自检）

• 字体一致、字号可读、线宽统一
• 统计图包含不确定性（CI/SEM/SD）并在 caption 解释
• 图注自包含：看 caption 能理解图表达什么、样本量、统计检验
• 引用准确：每个关键主张可追溯到数据或引用

案例库（GitHub 高信号仓库）

见：references/case-library.md（按“写作清单/论文工程化/出版包/返修资产”分类）

快速调用示例（给 VCO 路由用）

• “我要投稿 Nature 风格论文：请给出投稿资产包目录结构 + checklist + 图表导出标准”
• “顶刊作图：matplotlib 多子图 + 色盲友好 + 导出 PDF + TIFF 600dpi（每张图的规范写清楚）”
• “我要回复审稿意见：请生成 rebuttal 矩阵，并给出逐条回应的写作规范”
• “请把当前 LaTeX 项目接入 GitHub Actions 自动编译并生成 submission zip”